肝細胞複製時分泌的球蛋白α-Fetoprotein可應用在肝癌偵測，監控療效及復發的測定。病毒性肝炎急性期，超過50%會上升，代表疾病的嚴重性，但也反應肝細胞的複製，病情復原的開始。肝癌有80%會上升，超過500 ng/mL的濃度，97%是肝癌，治療再復發濃度會更高，有80%在一年內會復發。其它腫瘤也有上升的機會：60%的卵巢或睪丸惡性畸胎瘤，53%膀胱癌，8%胃癌。良性的肝臟疾病，例如慢性肝炎或肝硬化，陽性率大約10-20%。

CEA是大腸直腸癌腫瘤標記，可以應用在預後、評估治療效果、辨識胃腸腺癌復發。

CEA上升於(>5.0 ng/mL)：45%肺癌，37%非小細胞肺癌，66%小腸，43%結腸直腸癌(早期10%)，35%胰臟癌，33%食道癌，17%胃癌(末期50%)，42%子宮頸癌(局部9%)，27%子宮癌，18%乳癌，膀胱癌33%，10%尿道癌，20%甲狀腺髓狀癌，10%肝癌。

CEA也上升於下列良性疾病：4%結腸直腸息肉，3-5%各種良性腫瘤及疾病，酗酒、肺氣腫、胃潰瘍、結腸炎，肝硬化、膽道阻塞、胰臟炎也有可能數值超過5.0 ng/mL。

CA 125是一種正常存在輸卵管、子宮內膜及子宮頸內的細胞表面醣蛋白。可作為卵巢癌偵測與治療監控指標，數值反應腫瘤大小之變化。

上升於100 % serous卵巢癌，44.7 %胃腸道癌，62 %肝癌，59 %肺癌，27 %乳癌轉移，27 %子宮內膜組織異位，15 %良性卵巢疾病，與月經週期可能有關的腫瘤標記有CA125、CA19-9、CA72-4，都是在月經初始時，可能上升三倍。

HE4可用來作為監測卵巢上皮細胞癌患者的復發或疾病進展。當婦女罹患卵巢癌時，WFDC2(HE4)基因會大量分泌，特別是在卵巢癌中的漿液狀及子宮內膜狀癌，HE4的表現特別顯著。
此分析可與CA 125數值計算出ROMA值 卵巢惡性腫瘤風險評估程序(risk of ovarian malignancy algorithm,ROMA)，ROMA 是用來協助評估需進行子宮附屬器官腫塊切除的病患將來罹患卵巢上皮細胞腫癌之風險。

乳癌轉移與治療之指標，濃度變化超過25%，代表治療或再發有意義的變化。對於局限性、早期再復發的乳癌敏感度不足。

上升於68%乳癌，28%肝癌，70%肺癌，70%胰臟癌，44%直腸癌，50%攝護腺癌，50%卵巢癌，懷孕，哺乳，3%良性乳房腫瘤，SLE，肝炎，12%硬化，結核病。

CA 19-9是胃腸、肝膽系統腺癌出現的醣蛋白，上升於75%胰臟癌，44%肝癌，64 %膽管癌，90 %膽囊癌，43 %胃癌，36 %食道癌，34 %肺癌，26 %大腸直腸癌，27 %乳癌，33 %子宮內膜癌，25 %膀胱癌，86 %睾丸精細胞瘤，24 %胰臟炎，12 %慢性肝炎，12 %肝硬化，60 %膽道阻塞，文獻提到肺結核，氣喘等肺部疾病陽性率不低。

與月經週期可能有關的腫瘤標記有CA125、CA19-9、CA72-4，都是在月經初始時，可能上升三倍。

婦科，呼吸道，消化道鱗狀細胞癌腫瘤標幟，亦名TA-4。上升於肺部的25%鱗狀細胞癌，子宮的52%鱗狀細胞癌，子宮頸的61%鱗狀細胞癌。良性疾病：上升於10%肝硬化、慢性腎衰竭、牛皮癬。

PSA是存在於前列腺表皮細胞的醣蛋白，當腫瘤加速代謝速度時，PSA血清濃度上升，使用在前列腺癌篩檢與治療的指標。PSA比酸性磷酸酶穩定，也沒有晝夜濃度的變化。

測量PSA型態有助於區分攝護腺癌與良性的攝護腺病症。在PSA濃度升高的患者身上，攝護腺癌男性患者的游離PSA百分比(Free/Total PSA ratio)通常低於良性疾病男性患者的值。無論罹癌與否，男性體內Free/Total PSA ratio分佈所呈現的這般差異，可在進行切片活檢決定時用於選擇截斷值，一方面保持90%~95%的靈敏度，另一方面讓20%~30%患有良性疾病的男性免於接受切片活檢。

Free/Total PSA ratio也可用於評估風險，以利判定患者個人的罹癌機率。Free/Total PSA ratio越低，罹癌風險越高。

NSE是神經及神經內分泌細胞的糖解酵素，使用作一個腫瘤標記，來觀察破壞神經內分泌細胞的疾病，可作為病情、治療偵測，對於神經母細胞瘤數據高低反應結局。

上升於87 %小細胞肺癌(SCLC，NSE >35ng/mL)，10 %非小細胞肺癌，48%惡性黑色素瘤，20%胃、腸、乳、攝護腺癌，以及甲狀腺髓質癌、嗜鉻細胞瘤。NSE也上升於一些良性疾病，概率約在10%，如脂肪肝、慢性肝炎、肝硬化、肺炎。腦出血時NSE高峰在出血後1-3天，超過20 ng/mL。心臟引起的昏迷，從第0天到第5天，NSE持續上升，超過33 ng/mL，預測持續的昏迷。

非小細胞肺癌NSCLC，Non-small Cell Lung Cancer，診斷及治療腫瘤指標。

上升於90 %非小細胞肺癌，71 %表皮樣癌，42 %腺癌，19 %小細胞肺癌。當其它癌症轉移時，也有很高的比率，可以觀察到高值，這包括子宮頸癌、膀胱癌、大腸結腸癌、肝細胞肺癌、乳癌、子宮癌。但是良性肺部疾病也有16 %的陽性率，慢性肝炎、肝硬化、慢性腎衰竭、胃潰瘍也有個案超過參考區間。

腫瘤相關醣蛋白-72，為人類乳癌轉移的細胞膜抗原，其中有重複的寡糖結構稱為CA 72-4。

CA 72-4在很多種表皮細胞的惡性腫瘤都可出現，包括大腸、直腸、胃、胰臟、卵巢、和乳房，因為它反映疾病的嚴重性，所以主要目的是在手術後偵測治療效果。

上升於59%胃癌，32%大腸癌，40%大腸直腸癌，14%肝細胞癌，52%膽囊癌，22%胰臟癌，21%乳癌，23%子宮癌，50%卵巢癌，5%大腸直腸息肉，9%良性甲狀腺疾病，10%心臟血管疾病，11%胃腸發炎，8%膽結石，8%胰臟炎，文獻提到膽道阻塞者有60%上升，與月經週期可能有關的腫瘤標記有CA125、CA19-9、CA72-4，都是在月經初始時，可能上升三倍。